جشنواره آموزشی شهيد مطهری به منظور قدردانی از فرآيندهای آموزشی و تجليل و ارتقاء و توسعه رويه‌های آموزشی جاری در دانشگاهها با تدوين استانداردها مربوط به هر يك از فرآيندهای آموزشی و تعيين معيارهای سنجش و اعتبار بخشی فرآيندها و نيز توسعه فرآيندها و ابداع و ارائه فرآيندهای جديد آموزشی برگزار می‌گردد. دبيرخانه اين جشنواره واقع در مدیریت مرکز مطالعات و توسعه آموزش علوم پزشکی معاونت آموزشي وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكی با اهداف ذيل فعاليت خود را آغاز نموده است.
 
الف) شناسائی فرآيند های مطلوب دانشگاهی
ب) ارتقاء فرآيند های جاری آموزشی در دانشگاهها
ج) ابداع، اصلاح فرآيند ها ، تجهيزات و دستگاهها و لوازم كمك آموزشی.
د)توجه به فرآيند های آموزشی در حال اجراء در دانشگاههای و موسسات آموزش عالی كشور به منظور قدردانی از آنها
هـ) شناسائی و طراحی فرآيند های جديد آموزشی و معرفی آن به عنوان الگو در سطح دانشگاه ، دانشكده يا موسسه آموزش عالی
و) ايجاد فضاي مناسب علمی جهت حضور مناسب اساتيد در عرصه توليد علم و دانش مورد استناد جهانی در كتب يا نشريات
ز) ايجاد فضای رقابت سالم در عرصه توليد علم در سطح كشور
ح) ايجاد فرصت هاي جديد شغلی براي اساتيد دانشگاهها و موسسات‌ آموزشی و كمك آموزشی
ط) ايجاد بازار براي فرآيند های آموزشی جهت جذب سرمايه و هدايت سرمايه گذاری در راستای توليد علم
ي) ايجاد بازار براي ارائه و تبادل خدمات آموزشی
 
اين جشنواره در دو سطح دانشگاهی و كشوری برگزار خواهد شد.
در سطح دانشگاهی هر يك از اعضاء هيئت علمی يا همكاران ايشان حداكثر دو فرآيند آموزشی را به گروه معرفی می‌نمايند تا پس از تائيد گروه وارد ميدان رقابت گردد. در اين مرحله فرآيندهای اخذ شده با فرآيند استاندارد شده توسط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكی مقايسه می‌گردد و به هر يك از فرآيندها نمره‌ای اختصاص می‌يابد. در پايان براساس نمرات اخذ شده هر يك از فرآيندها ترتيب شده و به ترتيب بيشترين نمره اخذ شده رتبه اول فرآيند مربوطه را اخذ می‌نمايد. (فرآيند مطلوب دانشگاهی)
از فرآيندهای مطلوب دانشگاهی در سطح دانشگاه تقدير به عمل آمده برای آنها جوايز و ارزش های علمی و ... منظور می‌گردد.
فرآيندهای منتخب دانشگاهی وارد ميدان رقابت كشوری شده و پس از اخذ نمرات در هيئت داوری كشوری و رتبه‌بندی به فرآيندهای اول تا سوم جوايز، ارزش های علمی و فرصت‌های مطالعاتی و ... تعلق خواهد گرفت.
در سنوات آتی اين جشنواره ظرفيت تبديل شدن به يك جشنواره آموزشی منطقه‌ای و بين‌المللی را خواهد داشت.